うちの nginx は頑張っている！

Tree=/etc/nginx/http.d  
 +--etc   
 |  +--nginx  
 |  |  +--http.d  
 |  |  +--cert  
 |  |  +--modules  

の構造で、http.d 以下にサイトの conf ファイルが置かれている。http.d/$$$$.conf ファイルはサイトの数だけ作っておけば、A.com、 B.co.jp、C.org、、、とマルチなサイトに対応させられる。 インストール直後は default.conf が作成されている（と思ってる）。

conf ファイル内に location を書いてもいいし、 locaton ファイルを独立させてもよさそう。 cert サイトには pem ファイルを置いているが、cert ファイルの取得・更新は acme.sh に任せている。acme.sh は優れたツールで、nginx の conf ファイルを読み込んで、cert ファイル群を調整してくれる。