acmeスクリプトを使って証明書を更新する件については以前に書きましたが、これは80番ポートが開いていないとできないようです。IPv6オプション(MAP-E)で、特定のポート（割当ポート）を使ってサービスを公開している場合はどうするか？
うちではOpenWRTルーターを使っているので、臨時のwanインターフェースを作ってPPPoEを割り当てました。start on boot は off にして、3ヶ月に一度、更新時期がやってきたらwan をこちらに切り替えて、「ddns更新」→「acmeスクリプト実行」で無事、証明書ファイルが更新されました。
log等で更新を確認したら、PPPoEのwanインターフェースをstopさせ、普段使いのwanインターフェースをrestartさせます。